Kegiatan Ekstra Kurikuler yang dilaksanakan di SMP N 6 Yogyakarta tahun jpelajaran 2007/2008:
1. Pramuka (wajib bagi kelas VII), 2. PMR, 3. Basket, 4. Sepak Bola, 5. English Conversation, 6. Volley Ball, 7. KIR, 8. Seni Musik, 9. Paduan Suara, 10. Seni Karawitan, 11. Seni Baca Alquran, 12. Komputer.
Kegiatan ekstra kurikuler dilaksanakan sore hari jam: 15.00 – 16.30 wib.
